RSUP Dr. Johannes Leimena adalah Satuan Kerja / Unit Pelaksana Teknis yang bertanggungjawab kepada Direktur Jenderal Pelayanan Kesehatan Kementerian Kesehatan RI. Berdasarkan Permenkes 34 Tahun 2019 telah ditetapkan Struktur Organisasi dan Tata Laksana RSUP Dr Johannes Leimena dan berdasarkan Surat Izin Operasional dari Gubernur Nomor 01/DPMPTSP/RS-P/VIII/2024 ditetapkan sebagai Rumah Sakit Kelas B.